醫院信息系統細分可以包括四類子系統：

行政管理系統：包括財務管理系統，人事管理系統，藥庫管理系統，醫療設備管理系統，后勤管理系統，門診、手術及住院預約系統，病人住院管理系統（PAS）等。

醫療管理系統：包括門診，影像文件系統（PACS、RIS），急診管理系統（HIS），臨床信息系統(CIS)，病案管理系統(EMR)，血庫管理系統等醫療統計系統。

決策支持系統：包括醫療質量評價系統，醫療質量控制系統等。

各種輔助系統：如醫療情報檢索系統，醫療數據庫系統等。

HIS：醫院信息管理系統（ Hospital Information System）。主要利用計算機軟硬件、網絡通訊等現代化技術手段，對醫院及其所屬各部門的人流、物流、財流進行綜合管理，并對在醫療活動階段中產生的數據進行采集、存儲、處理、提取、傳輸、匯總、加工，生成各種信息，從而為醫院的整體運行提供全面、自動化的管理及各種服務。

CIS：臨床信息系統（Clinical Information System）。它是支持醫院醫護人員的臨床活動，收集和處理病人的臨床醫療信息，豐富和積累臨床醫學知識，并提供臨床咨詢、輔助診療、輔助臨床決策，提高醫護人員的工作效率，為病人提供更多、更快、更好的服務。像醫囑處理系統、病人床邊系統、醫生工作站系統、實驗室系統、藥物咨詢系統等就屬于CIS范圍。

臨床信息系統CIS相對于醫院信息系統HIS而言，是兩個不同的概念。HIS是面向醫院管理的，是以醫院的人、財、物為中心，以重復性的事物務處理為基本管理單元，以醫院各級管理人員為服務對象，以實現醫院信息化管理、提高醫院管理效益為目的。而CIS是面向臨床醫療管理的，是以病人為中心，以基于醫學知識的醫療過程處理為基本管理單元，以醫院的醫務人員為服務對象，以提高醫療質量、實現醫院最大效益為目的。

LIS：實驗室信息管理系統(Laboratory Information Management System,)，是專為醫院檢驗科設計的一套信息管理系統，能將實驗儀器與計算機組成網絡，使病人樣品登錄、實驗數據存取、報告審核、打印分發，實驗數據統計分析等繁雜的操作過程實現了智能化、自動化和規范化管理。有助于提高實驗室的整體管理水平，減少漏洞，提高檢驗質量。

EMR：電子病歷（EMR,Electronic Medical Record）也叫計算機化的病案系統或稱基于計算機的病人記錄（CPR,Computer-Based Patient Record）。它是用電子設備（計算機、健康卡等）保存、管理、傳輸和重現的數字化的醫療記錄，用以取代手寫紙張病歷。它的內容包括紙張病歷的所有信息。美國國立醫學研究所將定義為：EMR是基于一個特定系統的電子化病人記錄， 該系統提供用戶訪問完整準確的數據、警示、提示和臨床決策支持系統的能力。

PACS：影像歸檔和通信系統（Picture Archiving and Communication Systems）。它是應用在醫院影像科室的系統，主要的任務就是把日常產生的各種醫學影像（包括核磁，CT，超聲，各種X光機，各種紅外儀、顯微儀等設備產生的圖像）通過各種接口（模擬，DICOM，網絡）以數字化的方式海量保存起來，當需要的時候在一定的授權下能夠很快的調回使用，同時增加一些輔助診斷管理功能。它在各種影像設備間傳輸數據和組織存儲數據具有重要作用。

RIS：放射科信息系統(Radiology Information System)，是醫院重要的醫學影像學信息系統之一，它與PACS系統共同構成醫學影像學的信息化環境。放射科信息系統是基于醫院影像科室工作流程的任務執行過程管理的計算機信息系統，主要實現醫學影像學檢驗工作流程的計算機網絡化控制、管理和醫學圖文信息的共享，并在此基礎上實現遠程醫療。

CAD：臨床結構化文檔，是IHE中的一個內容，跟前面的東西都不是一類。它定義了跨機構、跨系統的醫療文書信息交換的“文檔結構”，不涉及交換文檔的內容信息標準。

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